摩尔庄园获取变异种子主要依靠同类不同色植株人工授粉培育、领取太空种子种植产出、完成地图隐藏任务领取基础变异种，搭配专属道具提升变异成功率是拿到变异种子的核心思路，其中授粉杂交是产出花卉类变异种子的主流方式，太空种子种植偏向农作物变异种子获取，地图任务可以拿到常规商店买不到的限定变异基础种子。
想要通过授粉杂交培育变异种子，先要完成梅森发布的植物杂交前置任务解锁花粉瓶，之后前往梅森的花园商店购入同一品类、两种不同底色的可变异基础种子，像粉色满天星和蓝色满天星、红色牵牛花和紫色牵牛花这类配对种子都是合适的选择。把种子批量播种在家园耕地，等待作物成长至成熟阶段，植株上方出现花粉瓶图标之后，选中工具栏里的花粉瓶采集花粉，花粉会自动收纳到背包花粉分类栏里。随后挑选生长期内、头顶带有花朵标识的同品种作物，将收集好的异色花粉完成授粉操作，授粉结束后作物进入变异判定阶段，授粉期间投放神奇配方可以提高变异概率，施用变异化肥能够缩短作物生长周期。作物成熟之后，如果变异判定生效，收获植株即可解锁变异种子；要是变异失败，普通作物可以放入粉碎机回收部分种子资源。培育高阶稀有变异种子不能只进行一次杂交，需要循序渐进，先用基础颜色杂交得到过渡花色，再拿过渡花色的花粉继续杂交，才能解锁黑色郁金香、黑色牵牛花这类高稀有度变异种子，按照玩家实测的固定配色组合开展授粉，可以大幅减少反复尝试的时间成本。另外庄园内可以和其他玩家互通稀有花粉，互相赠送收集不到的花粉素材，补齐自身缺少的花粉种类，扩充可培育的变异种子范围。
太空系列变异种子依靠土伯伯领取的专属太空种子种植产出，前往摩尔城堡爱心广场找到土伯伯，每天可以免费领取太空南瓜、太空白茄子、太空黑晶番茄、太空彩椒四类基础太空种子，梅森商店也会不定期上架额外的太空种子。种下太空种子之后，种植全程尽量保持在线状态，中途长时间离线会直接降低变异的出现概率，成熟之前两分钟保持在线，是不少资深玩家总结出提高变异种子掉落概率的实用方式。太空种子成熟之后有概率直接收获变异版本的种子，这类变异种子收获之后，既可以继续播种培育更多变异作物，也能提交给土伯伯兑换航天主题家具和限定装扮，家园耕地数量越多，批量种植之后产出变异种子的整体效率越高，扩建家园土地对于长期收集变异种子十分关键。
虫虫谷的隐藏小游戏可以拿到百合花专属变异种子，角色等级达到10级解锁虫虫谷地图之后，找到场景里大型粉色花朵，多次点击花朵进入花蕊隐藏场景，和树叶上面的毛毛虫开启互动小游戏，按照顺序投掷水球、雪球完成挑战，拿到线索字条后跟着指引找到铃铛花，点击铃铛花就能获取四色百合花基础种子。该地图任务能够重复完成，反复领取百合花种子，后续依旧可以利用授粉杂交的方式培育彩色、深色的高阶变异百合花种子，填补花卉变异种子的收集清单。茜茜占卜也是辅助提升变异概率的途径，开启好运buff之后，不管是授粉杂交还是太空作物种植，产出变异种子的几率都会小幅上涨，日常上线可以优先完成占卜，为培育变异种子做好铺垫。
后续收集图鉴或者和其他玩家交换物资都能发挥作用。长期游玩可以整理授粉配色清单，记录每次杂交的搭配结果，避开失败概率偏高的组合，慢慢集齐庄园里面全部品类的变异种子。
