火影忍者正统剧情及衍生体系内共计九类独立瞳术，分别为白眼、转生眼、写轮眼、万花筒写轮眼、永恒万花筒写轮眼、轮回眼、轮回写轮眼、血龙眼、净眼，每一类瞳术拥有专属进化路线与实战机制，也是手游决斗场、副本挑战、瞳术活动的核心养成与对战要素，玩家理清各类瞳术的特性才能搭配出适配不同场景的忍者阵容。
基础三大原生瞳术为白眼、写轮眼、轮回眼，三者是忍界瞳力体系的根基，手游内对应日向、宇智波、六道系忍者，实战定位区分清晰。白眼归属日向一族，拥有大范围透视、查克拉穴道识别、远距离侦查能力，分家忍者存在视觉死角，决斗场中日向雏田、宁次依靠白眼判定实现精准柔拳点穴，副本探索时可借助白眼看穿隐藏机关与伪装敌人，收集玩法里解锁白眼忍者能提升侦查类任务奖励倍率。写轮眼是宇智波专属瞳术，从单勾玉逐步进化至三勾玉，具备复制忍术、预判动作、释放对视幻术的效果，移植写轮眼的卡卡西在对战中可灵活复刻敌方技能，秘境闯关时三勾玉写轮眼忍者能提前预判BOSS技能前摇，规避大范围伤害技能。轮回眼被称作掌控生死之眼，可掌握全部查克拉属性变化、操控六道黑棒、施展万象天引与神罗天征，手游长门、宇智波斑凭借轮回眼实现远程拉扯与多形态切换，修罗道、天道分段技能能同时兼顾起手与反手，组织BOSS战中轮回眼奥义的大范围伤害可快速清理小怪集群。
三大基础瞳术的进阶衍生瞳术包含转生眼、万花筒写轮眼、永恒万花筒写轮眼、轮回写轮眼，进阶瞳术解锁门槛更高，对应高稀有度忍者，养成资源消耗远高于基础瞳术。转生眼为白眼终极进化形态，仅能融合大筒木血脉与日向白眼开启，拥有创世灭世之力，手游剧场版联动忍者可借助转生眼释放大范围光系攻击，跨服积分赛里转生眼技能的破霸体效果能克制近战突进忍者。万花筒写轮眼是宇智波失去至亲后觉醒的专属形态，每位持有者瞳术能力独一无二，鼬的月读、天照，止水的别天神，带土的神威都具备无解控制或追踪输出，决斗场对战万花筒忍者需预留替身术规避专属瞳术奥义，瞳术大师找不同活动中集齐全部万花筒图案可领取大量忍玉与轮回石。永恒万花筒写轮眼通过移植同族万花筒融合而成，消除万花筒失明副作用，大幅降低瞳力消耗，手游宇智波佐助永恒形态无需频繁积攒瞳力条，连招连贯性更强，适合长时间持续输出。轮回写轮眼为辉夜独有，仅能释放无限月读，游戏内作为终极副本BOSS专属瞳术，玩家需搭配轮回眼忍者才能破除月读控制，单人通关高难副本必须配置对应克制瞳力的忍者。
两大小众稀有瞳术血龙眼、净眼出场频次偏低，但克制大筒木体系效果突出，是对抗高难大筒木副本的关键配置。血龙眼属于千乃一族，依靠视线操控血液制造幻术与血系攻击，对战依靠回血续航的忍者时，血龙眼技能可封锁敌方血液恢复，排位赛遇百豪纲手、蛞蝓治疗阵容时能起到针对性压制作用。净眼是博人专属先天瞳术，可观测楔印记、看穿异空间裂隙、精准捕捉大筒木查克拉，大筒木来袭活动副本中，携带净眼的博人能标记隐身大筒木分身，减少关卡搜寻耗时，组队挑战时净眼的全队查克拉感知buff可提升全队起手速度，资源养成层面，稀有瞳术忍者碎片产出渠道仅限限定活动与高段位宝箱，玩家需留存金币等待对应返场抽取。各类瞳术存在明确克制链条，轮回眼克制无限月读轮回写轮眼，净眼克制全部大筒木系瞳力，写轮眼幻术可破解基础白眼侦查，实战搭配遵循一控制一输出一侦查的瞳术组合思路，平衡阵容容错率。
