未定事件簿的逻辑问题集中在三层维度，分别是案件剧情的现实行为逻辑、推理玩法的机制推导逻辑、主线长线设定的因果闭环逻辑，三类漏洞相互叠加，让侦探推理核心体验出现割裂，大量案件为推进恋爱互动强行牺牲现实合理性，推理操作又依靠固定提示弱化自主推导空间，长线组织设定频繁出现无法自洽的剧情留白，共同构成玩家感知最明显的逻辑硬伤。
多数案件凶手与证人的行为完全违背普通人趋利避害的基础思维，很多关键证据会被凶手主动留在案发现场，购买违禁药剂的小票、带有自身完整指纹的作案工具、记录行凶计划的手写纸条等物证随处可见，部分投毒案件里凶手刻意在饮水机出水口留下肉眼可见的药物结晶，却没有清理滤层，从刑侦常识来说，蓄意伤人者会第一时间销毁所有指向自身的痕迹，剧情为了快速锁定嫌疑人刻意简化人物智商，同时证人证词频繁出现前后矛盾却无合理心理铺垫，包庇者一边刻意引导调查方向，一边完整保留暴露自身的物证，人物动机和行为无法形成对应关系，部分支线案件还会出现机械降神式线索，依靠突发监控、匿名证物直接锁定真凶，前期铺垫的多条嫌疑线索直接作废，完整推理链条中途断裂，让案件侦破失去层层递进的悬疑感。不少实景搜查环节的细节同样经不起推敲，凶手自行安装的监控设备，作案时完全忽略设备存在，后续被录像证据指认时表现出全然错愕，缺少失忆、设备遗忘等前置铺垫，单纯依靠剧情强制推动认罪，进一步放大剧情逻辑漏洞。
推理玩法机制层面的逻辑短板大幅压缩自主思考空间，游戏内搜证环节全程高亮标注关键交互物品，不存在遗漏线索的可能性，思考关联玩法仅能匹配固定成对线索，无关线索搭配会直接弹出提示阻断发散推导，无法实现多条线索交叉串联构建完整推理网，庭审举证同样设置多重容错机制，选错证物会即时给出修正指引，不存在自主推理失误带来的剧情分支，整套推理流程更偏向跟着指引完成点击操作，而非独立梳理线索矛盾。辩论对决玩法和侦探主线完全脱节，庭审辩护依靠卡牌战力判定胜负，而非证物与证词的逻辑博弈，即便掌握完整证据链，卡牌练度不足也无法推进剧情，把逻辑推理的核心冲突转化为数值对抗，两种核心玩法底层逻辑互相冲突。同时线索分类系统存在信息割裂问题，人物证词、现场证物、化验报告分属独立栏目，无法自由拖拽整合梳理时间线，玩家只能按照剧情解锁顺序依次查看线索，很难自主梳理作案时间、动机、工具三者的对应关系，进一步弱化推理的逻辑性与自由度。
长线主线与核心组织设定存在闭环缺失的逻辑问题，NXX药物、皎马会、剑兰谷实验室等贯穿全篇的核心线索，多处关键剧情缺少因果过渡，幕后组织操控多起案件却未留下可串联的行动脉络，部分支线出现具备自主情感与自我意识的AI角色，缺少对应的技术设定支撑，完全脱离现有世界观框架。多条明暗故事线交织时，伏笔回收节奏失衡，部分前期埋下的人物疑点到篇章结尾没有对应解释，新增角色与旧案件的关联依靠对话一笔带过，缺少物证、证词等实体线索佐证，主线推进时常依靠角色口述揭露真相，而非依靠玩家搜集的线索推导得出结论，长线剧情更侧重四位男主的个人故事铺陈，侦探主线沦为串联恋爱互动的载体，世界观设定为角色剧情让步，造成长线逻辑松散、前后设定难以统一。
